Historia spółki sięga roku 1994, kiedy kilku programistów, późniejszych założycieli Pentacompu, rozpoczęło prace nad tworzeniem systemu wspomagającego Krajowy Rejestr Karny.

W 1995 r. pięciu założycieli – późniejszych członków zarządu i akcjonariuszy – powołuje do życia PentaComp Spółkę Cywilną. W gronie założycieli znaleźli się: Piotr Salata, pełniący dwukrotnie funkcję Prezesa, Wojciech Chybowski, wieloletni Prezes, Dariusz Figura i Michał Kirpluk, członkowie Zarządu oraz Wojciech Kamiński – obecnie akcjonariusz spółki.

Od początku działalności Pentacomp pozyskuje nowych współpracowników i firmy partnerskie. Umowa generalna z Digital Equipment Polska (później Compaq Polska) owocuje licznymi kontraktami realizowanymi dla dużych przedsiębiorstw. Zrealizowane w latach dziewięćdziesiątych pierwsze zlecenie dla KRK zaowocowało długoletnią i trwałą współpracą, co pozostaje wizytówką Pentacompu – solidnego, wiarygodnego partnera, na którym można polegać. KRK jako pierwszy Klient do dziś bowiem korzysta z rozwiązania spółki.
Pod koniec lat dziewięćdziesiątych na liście Klientów Pentacompu znalazły się m.in. Polskie Sieci Elektroenergetyczne (tworzenie Systemu Hurtowego Obrotu Energią), Polskie Koleje Państwowe (śledzenie ruchu wagonów i przesyłek), Polska Telefonia Cyfrowa (Era GSM) i EuroBIG.

Pod koniec 1997 Pentacomp zostaje zarejestrowany jako Pentacomp Systemy Informatyczne Sp. z o.o. W tym czasie spółka dookreśla swoją tożsamość. Jest już ekspertem w zakresie projektowania, wdrażania i zarządzania hurtowniami danych. Tym samym pogłębia specjalizację w dziedzinie Business Intelligence. Równocześnie staje się dojrzałą firmą, która potrafi dostarczyć wytworzone przez siebie oprogramowanie dedykowane obsłudze strategicznych procesów biznesowych w dużej organizacji.

Od roku 2000 Pentacomp systematycznie się rozwija. Zyskuje kompetencje w branży finansowej i bankowej. Realizuje coraz więcej dużych projektów dla centralnej administracji państwowej – na liście Klientów pojawiają się ministerstwa oraz centralne urzędy i instytucje. Spółka decyduje się na ekspansję w branży ubezpieczeniowej, co owocuje m.in. strategiczną współpracą z największym w Polsce ubezpieczycielem. Kolejny krok to doskonalenie oferty w zakresie rozwiązań biometrycznych. Pentacomp staje się liderem w zakresie zastosowania technologii biometrycznych w Polsce – współpracuje m.in. z MSWiA oraz PWPW S.A. w zakresie paszportów biometrycznych oraz ze Strażą Graniczną i policją. W tym czasie Pentacomp jako jedna z pierwszych firm w Polsce uzyskuje certyfikaty AQAP, pozwalające oferować rozwiązania i usługi w sektorze wojskowym; spółce przyznano także świadectwo wiarygodności NATO NCAGE.

W roku 2007 Pentacomp został przekształcony w spółkę akcyjną. Obecnie zatrudnia ponad 120 osób, jest stabilnym przedsiębiorstwem o ugruntowanej marce i pozycji. Co roku Pentacomp awansuje w rankingach klasyfikujących firmy IT, wykazując wzrost większy od średniej w branży.

Jednym z większych sukcesów ostatniego okresu jest stworzenie na zamówienie Ministerstwa Finansów systemu EMCS PL, który wspiera ewidencję przemieszczeń towarów objętych akcyzą. Kompetencje zdobyte przy okazji projektu EMCS PL przekładają się na pomyślną współpracę z przedsiębiorstwami sprzedającymi produkty akcyzowe: z branżą paliwową, tytoniową i spirytusową. Również na zlecenie Ministerstwa Finansów Pentacomp zrealizował system EORI – Krajowy System Rejestracji i Identyfikacji Podmiotów Gospodarczych (element projektu e-Cło).

Zrealizowane w latach dziewięćdziesiątych pierwsze zlecenie dla KRK zaowocowało długoletnią i trwałą współpracą, co pozostaje wizytówką Pentacompu – solidnego, wiarygodnego partnera, na którym można polegać. KRK jako pierwszy Klient do dziś bowiem korzysta z rozwiązania spółki.